Во второй половине 16 века развитие сельского хозяйства замедлилось и даже испытывало упадок . Какова причина ?

В основном из-за опричнины, которая разделяла страну на две части: "Опричнина" во главе с Иваном 4 и "Земщина" во главе с боярской думой. Боярская дума своевольничала и развивала террор по всей стране. Последствия опричнины: Хозяйственное разорение страны и Начало государственного закрепощения крестьян. 

опричнина и  параноя Ивана Грозного(боялся предательсв и покушений на его жизнь),как следствие доносы (в основном корыстные) .Ну и опричники забирали у крестьян в их отсутствие земл ,иногда жен.