Музей-заповедник,  созданный     в  результате слияния  Литературного  музея  А.П.Чехова   и  Краеведческого  музея Таганрога,  объединил  и  музейные  коллекции  этих  двух   музеев,  разнообразные  и  во  многом  уникальные. Многие предметы, связанные с историей города и края, являющиеся свидетелями событий не одного столетия, принадлежавшие известным лицам,  несомненно имеют историческую, научную и художественную ценность и составляют значительную часть основного фонда музея, насчитывающего 173229 ед.хр. Фонды музея классифицированы по видам хранения: археологические  и  естественно-исторические  памятники,  фото и  документы,  предметы из  драгметалла, книги,  предметы  прикладного  и изобразительного искусства,  предметы быта и этнографии, нумизматическая  коллекция  и др. Всего в фондах музея-заповедника 25  коллекций, размещенных в фондохранилищах, площадью 1800 кв.м.